1971년 4월 11일 부활절 주일에 이영훈 전도인(성결교 신학교 4년)과 더불어 
10여명의 성도들이 개척하였습니다

우리나라를 대표하는 삼대 교단인 장로교, 감리교, 성결교(예성)에 소속된 교회로써 말씀 중심의 복음적 목회를 이어가고 있습니다. 
1대 담임자인 이영훈 목사는 개척후 45년을 목회했고, 2015년 부터는  제2대 담임자로 최윤영 목사가 섬기고 있습니다.

교회이름인 거룩한 씨는  밤나무와 상수리 나무가 다 베어지는 혼돈하고 타락한 시대에도 새 역사를 이끌어가는 이들은 그루터기, 이 땅의 거룩한 씨(사6:13)라는 고백을 담고 있습니다.

서울 성동구 매봉길 30에 소재하고 있으며 꿈샘작은 도서관 중심으로 지역
사회와 함께하고 있으며 1985년 부터 평신도선경읽기회(ICBF)를설립 격월
간 묵상교재 생명의 샘가를 발행하여 전국교회와 말씀묵상 교제로  지구촌에 보급하고있습니다.  (생명의 샘가 링크주소: www. icbf.co.kr)

협력단체로는 캄보디아 바티에이국제대학, 국제기아대책기구, 예성청소년 사역위원회, 엔포티 복음선교회,학원선교기관인 넥타선교회, 탈북여성국내송환을 위한 나후선교회(북한인권), 베트남 껌지앙 성동교회 CDP센터를 설립하고  매년 개척학교 국내선교 등이 있습니다.